Στόχος του Ινστιτούτου είναι η προαγωγή της επιστημονικής γνώσης μέσω της διεπιστημονικής έρευνας, η στήριξη της ερευνητικής και εκπαιδευτικής διαδικασίας. Το ΙΑΠΑΔ δίδει έμφαση στην στήριξη των επιστημονικών εκδόσεων και στη δημοσιοποίηση και διάχυση των ερευνητικών αποτελεσμάτων στην ακαδημαϊκή κοινότητα καθώς και σε φορείς και υπηρεσίες σε τοπικό, περιφερειακό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο.

Το ΙΑΠΑΔ διατηρεί Κέντρο Τεκμηρίωσης και Εργαστήριο Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών με μακρόχρονη ερευνητική δραστηριότητα (από το 1990). Η δομή της λειτουργίας του ΙΑΠΑΔ στηρίζεται στους ερευνητικούς τομείς:

α) Τομέας Αστικού Περιβάλλοντος και

β) Τομέας Ανθρώπινου Δυναμικού.

Στο πλαίσιο των δυο τομέων εντάσσονται οι κάτωθι εσωτερικές ερευνητικές μονάδες:

Α. Τομέας Αστικού Περιβάλλοντος:
Ερευνητική μονάδα Χωρικών Πολιτικών & Σχεδιασμού
Ερευνητική μονάδα Πολιτικής Περιβάλλοντος
Ερευνητική μονάδα Βιώσιμης Χωρικής Ανάπτυξης
Ερευνητική μονάδα Τοπική Αυτοδιοίκηση & Διακυβέρνηση

Β. Τομέας Ανθρώπινου Δυναμικού
Ερευνητική Μονάδα Κοινωνικής Πολιτικής και Μετανάστευσης
Ερευνητική Μονάδα Αγοράς Εργασίας

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον δίδεται στις ευρωπαϊκές διαστάσεις της χωρικής ανάπτυξης του περιβάλλοντος και των ανθρώπινων πόρων και ειδικότερα στον χώρο της ΝΑ Ευρώπης, των Βαλκανίων και της Μεσογείου.

Στο πλαίσιο αυτό τα σημαντικότερα θεματικά πεδία στα οποία έχει ήδη ενεργοποιηθεί το ΙΑΠΑΔ είναι:
Αστική Ανάπτυξη, Χωροταξία, Πολεοδομία, Αγορά Ακινήτων
Παρατηρητήρια Χωρικών Πληροφοριών (Χωροταξίας, Περιβάλλοντος, ESPON κ.α.)
Χωρική Διακυβέρνηση (αστικός χώρος, περιφέρειες)
Αειφόρος Ανάπτυξη, Χωρικός Σχεδιασμός, Φυσικό & Πολιτιστικό Περιβάλλον
Ολοκληρωμένη Ανάπτυξη Διασυνοριακών Περιοχών
Περιβαλλοντική Ανάλυση και Πολιτική
Περιβαλλοντική Διαχείριση (EMAS, υδάτινοι πόροι, διαχείριση απορριμμάτων κ.α.)
Περιβαλλοντική Διακυβέρνηση και επίλυση συγκρούσεων
Αγορά Εργασίας και Πολιτικές Απασχόλησης, Ανεργία, Κοινωνικός Αποκλεισμός
Μετανάστευση, Πολιτικές Κοινωνικής Ένταξης
Κοινωνική Πολιτική, Εθελοντισμός, Τρίτος Τομέας
Μέθοδοι Αξιολόγησης και επιπτώσεων πολιτικών ανάπτυξης και ανθρώπινου δυναμικού
Τοπική Αυτοδιοίκηση και Ανάπτυξη
Μητροπολιτική Διοίκηση & Αυτοδιοίκηση
Περιφερειακή Διακυβέρνηση και Καινοτομία